婴儿的便秘一般可由以下因素引起。
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1.营养不足
功能性便秘与营养密切相关。如果宝宝的饮食过于精细，对纤维素的吸收不足，对肠壁的刺激不够，容易引起便秘；过多地摄入大量的蛋白质，容易使肠道内的发酵菌相对减少，影响发酵，进而使大便干燥、浓稠。如果饮食不足，由于肠道内残留物少，腹腔和肠道肌肉的张力不足，蠕动无力，也容易导致便秘。
2.肠道运动不规律
由于排便不规律和缺乏训练，肠道反射没有形成。有时，婴儿可能有排便的感觉，但通过游戏或其他干扰他的事情，他有意识地抑制了排便的意图，随着时间的推移，肠道中肠道反射的敏感性降低，粪便在肠道中聚集，水分被吸收，粪便变得干燥，因此无法排出。
3.先天性的生理和解剖缺陷。
有些婴儿由于某些先天性疾病，如肠道狭窄、肠梗阻、直肠肛门狭窄、幽门痉挛、先天性幽门狭窄、先天性巨结肠等，可引起便秘。